这取决于个人兴趣和职业目标。建筑环境与能源应用工程专业侧重于研究和应用可持续建筑、能源系统和环境保护方面的知识和技能，适合对绿色建筑和环保技术感兴趣的人。

土木工程专业侧重于土木结构设计、施工管理和维护方面的知识和技能，适合对公共基础设施的设计、建设和运营感兴趣的人。同时，两个专业之间也有许多交叉点和重叠部分。因此，选择哪个专业应该根据自己的兴趣、职业目标和学校提供的课程设置进行综合考虑和选择。