武汉工程大学有两个校区，分别位于武汉市江岸区沿江大道、尚品路与兴业路交汇处的主校区和武汉市洪山区关山大道88号的东湖校区。

主校区是武汉工程大学的教学、科研和管理中心，拥有良好的教学设施和优秀的师资力量；东湖校区则是学校新建的校区，拥有现代化的教学、实验设施和宽敞的绿地，是学校发展的重要支点和未来发展的重要发力点。两个校区互相补充，协同发展，提高了学校整体实力。