在云南民族大学的机构设置中，主要有：

校党委办公室、校长办公室。

机关党委、党总支；纪委办公室、监察室、审计处。

发展规划处、基建修缮处、后勤保障处、研究生院、学生宿舍管理中心。

招生就业处、校友工作联络处。

还有教育学院、经济学院、人文学院、艺术学院、管理学院、云南省民族研究所、研究生部等20多个学院（处）机构。