杭州师范大学医学院前身是创办于1979年的浙江医科大学杭州分校（护理教育可追溯至1917年浙江广济医院护士培训学校，已有一百多年历史）。1994年学校更名为杭州医学高等专科学校，2001年并入杭州师范学院成立医学院。2004年医学院分为临床医学院、护理学院、医药卫生管理学院（2011年11月更名为健康管理学院）、基础医学部等四个教学单位。2013年3月上述“三院一部”合并成立新的医学院。