昆明医科大学校本部在昆明市呈贡区大学城，本部占地1000多亩，目前学校所有学院除临床学院都在大学城办公。在人民西路老校区还有几时亩地，目前在建教学楼和学生寝室，在五华山背后还有一个平政校区，以前云南省医学高等专科学校的校园，并给昆明医科大学，这几年出租给云南大学附属医院（云南省第二人民医院）。