重庆改为中央直辖市后，原一中、二中分别改为重庆市合川第一中学、重庆市合川第二中学，并先后列为重庆市重点中学。

2001年合川市人民政府为了发展名校，强强联合，经报请重庆市人民政府批准，将两校合并，定名为重庆市合川中学。