吉首市共有所18中学。其中城区内州属公立中学2所，分别是湘西州民族中学和溶江中学；市属公立中学6所，分别是吉首市一中、吉首市二中、吉首市民族中学、吉首市四中、吉首市铁路中学、吉首市雅溪中学；私立中学1所，是湘西雅思实验学校。乡镇中学有9所，分别是矮镇中学、寨阳中学、双塘中学、社塘坡中学、河溪中学、太平中学、丹青中学、马颈坳中学。