南京海军电子工程学院，是曾经存在的一所解放军海军电子工程技术类军事高等院校，先后位于太原、南京。

1949年，创建华东军区海军学校（第四大队）。

1949年，华东军区海军学校（第四大队）、国立安徽大学（校园资源）合并，并入解放军海军联合学校，作为三分校，即安庆通信分校。

1955年，解放军海军联合学校三分校（校园资源）改建安庆地区工农速成文化学校，后为安庆专区师范专科学校。

1957年，解放军海军联合学校（三分校）分出，独立升格中国人民解放军海军通信学校。

1969年，撤销海军通信学校。

1972年，复校中国人民解放军海军通信学校。

1970年，海军通信学校（部分）分出，参与合组第二海军学校。

1979年，升格中国人民解放军海军高级电子工程专科学校。

1986年，升格中国人民解放军海军电子工程学院。

1999年，撤销海军电子工程学院。参与合组海军工程大学。