尽管二者的考试内容类似，但是是是完全不同、没有任何关联的两种考试。
1、高校计算机等级考试是由各省教育考试院面向该省管辖范围内的高校组织安排的，只有该省范围内各高校的在校生可以报考，社会人员和外省学生均不允许报名。它的开考级别与科目、考试大纲、考试内容与形式完全由省教育考试院决定，最终的证书上面也是加盖省教育考试院的公章，所以各省之间都不同。
2、全国计算机等级考试是由教育部考试中心组织的，在全国范围开考的，不限制年龄、学历、所在地区等条件，所有人都可以报考。证书由教育部考试中心统一颁发，证书全国有效。
3、总体来说，全国计算机等级考试证书相对于高校计算机等级考试证书要更好用一些，不过在教育系统往往要求高校计算机等级考试的比较多，如一些高校将高校计算机等级考试于毕业证挂钩，还有一些地方教育局招聘教师时要求高校计算机等级证书的比较多。除此之外，大多都是要求全国计算机等级证书的。
