学校内设办公室、人事政工处、教育培训处、财务装备处（均为正处级机构）以及海关总署监管技术研究中心（科级机构）。其中，办公室负责综合协调、督办检查、公文审核、档案、保密和办公自动化等工作；人事政工处负责人事管理、党务及思想政治、老干部、安全保卫等工作；教育培训处负责各类培训班的计划安排、课程设计、教学组织、学员管理，教研教改等工作；财务装备处负责后勤管理、服务保障与基建等工作；海关总署监管技术研究中心负责监管理论和技术研究、监控查验技术设备及手段研究、监管业务培训等工作。