山东大学威海分校和山东大学本校在以下几个方面存在一些区别：

办学地点：山东大学威海分校的办学地点位于山东省威海市，而山东大学本校的办学地点位于山东省济南市。

办学历史：山东大学威海分校创建于1984年，是山东大学在威海市的分校，而山东大学本校的前身是成立于1901年的山东大学堂。

学科设置：山东大学威海分校和山东大学本校在学科设置上略有不同。山东大学威海分校在海洋科学、应用经济学、中国语言文学等方面具有一定的特色和优势，而山东大学本校在材料科学、机械工程、计算机科学、化学等方面有更强的研究实力和学科优势。

招生规模：山东大学威海分校的招生规模相对较小，每年招收约3000名本科生，而山东大学本校每年招收约1万人。

毕业证书：山东大学威海分校的毕业生毕业证书上会注明“威海分校”，而山东大学本校的毕业生毕业证书上没有特别注明。

总体来说，山东大学威海分校和山东大学本校都是优秀的综合性大学，但在办学地点、办学历史、学科设置、招生规模和毕业证书等方面存在一些差异。学生可以根据自己的兴趣和需求选择适合自己的学校。