江苏海洋大学共有苍梧、通灌、宋艞和虚沟等四个校区。

苍梧校区为主校区，主要是理工科类院系，比如电子信息工程、通信工程、电子科学与技术、建筑学等专业都集中在主校区。

通灌校区原本是连云港化工高专，并入后成为江苏海洋大学的主要校区之一，主要集中了人文社科类专业，比如汉语言文学、法学、物流管理、金融学、国际经济与贸易、市场营销学等专业。

宋艞校区原来是江苏盐业学校，合并后成为江苏海洋大学的二级学院-东港学院，后改制为校区之一，现在为职业教育学院。

墟沟校区，现在集中了制药工程、药物制剂、药物分析等专业。